בשיעורי המדעים נחשפות התלמידות לעולם הביולוגיה, הכימיה והפיזיקה, תוך למידה מדורגת לאורך שנות חטיבת הביניים. בכל שנה מתמקדת הלמידה בשלבים הולכים ומעמיקים בכל אחד משלושת האשכולות, החל מרכישת ידע בסיסי ועד להבנה נרחבת ומעמיקה, רכישת כלים לחשיבה מדעית ולחשיבה בדרך החקר.
בביולוגיה- עוסקות הבנות בהבנת העולם החי ומאפייני החיים, מבנה התאים והיצורים החיים, הכרת מערכות הגוף- הובלה ונשימה, רבייה ועיכול, עקרונות בגנטיקה ותורשה, אקולוגיה וסביבה ועוד.
בכימיה- עוסקת הלמידה בהכרת עולם החומרים, סיווגם ותכונותיהם, מבנה החומר וסוגי קשרים כימיים.
בפיזיקה- נחקרים חוקי הטבע בתחומי האנרגיה השונים- במכניקה, חשמל, חום ועוד.
בכיתה ט מבצעות כל התלמידות חקר מדעי מלא, סביב שאלת חקר המעסיקה אותן, אבן דרך המהווה שיא בלמידה המדעית.
ביוזמה ייחודית הוקמה באולפנה "סיירת מדע" לבנות בעלות מוטיבציה מדעית גבוהה, במסגרתה נחשפות הבנות לתכנים נוספים ומשתתפות בפעילויות, הרצאות וסיורים, במטרה להרחיב את אופקיהן, להעשיר את עולם התוכן המדעי שלהן ולעודד השתלבות נשית בלימודי מדע נוספים- במגמות ובלימודים הגבוהים.